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Jun 20 2019 - Avviso Seminario
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Il 26 giugno 2019 ore 11.00
si terrà nell'aula riunioni dell'Istituto per le Applicazioni del Calcolo (IAC) del Consiglio Nazionale delle Ricerche (via dei Taurini 19 - 00185 Roma) al I piano il seguente seminario:
Relatore:
Prof. Abdul Salam Jarrah (American University of Sharjah, United Arab Emirates)
Titolo:
Meaningful Boolean functions for modeling biological networks.
Abstract:
Logical models, such as Boolean networks, are a valuable tool toward explaining and understanding complex biological systems such as gene regulatory networks. A gene is a node in the network, and an interaction between two genes is a directed edge between the two corresponding nodes. To capture the dynamics of this network, each node is assigned a logical function that is used to update the state of the node in response to changes in the states of the neighboring nodes in the network. Some logical functions might not be biologically meaningful, however. Nested canalyzing as well as threshold functions are biologically meaningful and used for modeling and inference of gene regulatory networks. In this talk, we will present an algebraic method for identifying all threshold Boolean functions from given experimental data. (This talk will be accessible to undergraduate students)
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Jan 23 2019 - Comunicazione
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Nota: l'esame orale di IN470 dell'appello dell'8 febbraio e' stato spostato a martedi' 12 febbraio. Stessa aula (211), stesso orario (10-13). La data dello scritto (5 febbraio) e' rimasta invariata.
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Dec 18 2018 - Materiale didattico
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Le slides della lezione di oggi 18 dicembre 2018 (11.2-CellularAutomata.pdf) sono disponibili al solito posto.
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Dec 12 2018 - Materiale didattico
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Le slides relative al k-means (8.4-kmeans.pdf) sono ora disponibili.
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Dec 11 2018 - Materiale didattico
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Le slides della lezione di oggi 11 dicembre 2018 (11.1-MathModeling.pdf) sono disponibili al solito posto.
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Dec 10 2018 - Materiale didattico
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Le slides della lezione di oggi 10 dicembre 2018 (i.e., 9.1-graphs.pdf e 10.1-netbiol.pdf) sono disponibili al solito posto. Le slides relative al k-means saranno disponibili a breve (seguira' comunicazione).
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Nov 30 2018 - Comunicazione
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Lunedi' e Martedi' prossimo 3-4 Dicembre saro' assente. Ci rivedremo venerdi' 7 Dicembre.
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Nov 27 2018 - Materiale didattico
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Sul server del lab trovate le slides relative alla lezione di oggi (8.3-NN.pdf).
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Nov 21 2018 - Materiale didattico
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Ho messo al solito posto le slides relative alla lezione di lunedi e martedi (7.1-phylogenetic-analysis.pdf, 8.1-ML.pdf e 8.2-HMM.pdf).
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Nov 13 2018 - Comunicazione
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Sul server del lab trovate le slides relative alla lezione di oggi (i.e., completamento di 6.2-pairwisealignment.pdf e 6.3-multalignment.pdf).
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Nov 11 2018 - Comunicazione
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A causa di un imprevisto non potro' tenere la lezione di lunedi' 12. Il corso riprendera' regolarmente martedi' 13.
Per chi avesse voglia di esercitarsi in laboratorio anche in mia assenza potra' completare l'esercizio previsto per la giornata di lunedi' ovvero lo sviluppo di un algoritmo in C per il calcolo della Shannon Entropy di un testo in inglese (o in italiano) qualsiasi (e.g., http://www.textfiles.com/etext/
). L'esercizio prevede, oltre al calcolo della entropia, il plot del vettore delle frequenze delle letetre dell'alfabeto.
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Nov 9 2018 - Materiale didattico
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Sul server del lab trovate le slides relative alla lezione di oggi (6.1-stringSearching.pdf e 6.2-pairwisealignment.pdf).
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Nov 5 2018 - Comunicazione
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Venerdi' 9 Novembre (in Aula 9) intendo recuperare la lezione di martedi' 30 Ottobre (teoria).
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Nov 1 2018 - Comunicazione
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La pagina web del corso erroneamente riportava il 13 novembre come data per l'esonero. Adesso riporta la data corretta secondo il calendario didattico cioe' il 6 Novembre (martedi' prossimo). L'esonero verra' fatto nella 211.
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Oct 29 2018 - Comunicazione
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Vista l'ordinanza del Sindaco che ha chiuso le scuole nella citta' di Roma per allerta meteo, nella giornata di oggi 29 e domani 30 ottobre l'attivita' didattica sara' sospesa (
http://www.uniroma3.it/articoli/pre-sospensione-attivita-didattica-30-ottobre-2018-11849/
)
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Oct 26 2018 - Materiale didattico
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Al solito posto trovate le slides della lezione di oggi (5.1-stochasticproc.pdf e 5.2-randomwalks.pdf). Trovate inoltre due documenti da leggere (a6_RandomWalk.pdf e 16_berg_randomwalk_ch1.pdf).
Nota: ho rinominato 3 files relativi alle lezioni passate. Si tratta di 4.0-probability, 4.1-information e 4.2-diversity.
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Oct 23 2018 - Materiale didattico
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Ad integrazione delle slides della lezione di oggi martedi' 23 ottobre, nella cartella 'articoli' trovate due articoli storici di Shannon (a5_Shannon-A-Mathematical-Theory-of-Communication.pdf, a5_Shannon1950.pdf ).
Inoltre trovate le slides della lezione di oggi (4.1-information.pdf, 4.2-diversity.pdf).
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Oct 22 2018 - Comunicazione
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La lezione di recupero di IN470 di Venerdi' 26 Ottobre e' confermata. Si terra' in Laboratorio dalle 11 alle 13
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Oct 19 2018 - Materiale didattico
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Sul server del lab trovate le slides di oggi (4.0-probability.pdf).
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Oct 16 2018 - Materiale didattico
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Ad integrazione delle slides della lezione di ieri lunedi' 15 ottobre, nella cartella 'articoli' trovate un documento da leggere (a4_randomvariables.pdf) che descrive il metodo di generazione di variabili casuali con una certa distribuzione.
Inoltre trovate le slides della lezione di oggi (3.3-biology.pdf).
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Oct 16 2018 - Comunicazione
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Vi ricordo che da oggi la lezione di IN470 del Martedi' (ore 11-13) sara' tenuta in Aula 211 e non in Aula C come inizialmente comunicato.
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Oct 15 2018 - Materiale didattico
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Sul server del lab trovate le slides di oggi (4.3-generating-random-samples.pdf).
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Oct 12 2018 - Materiale didattico
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Il materiale didattico della lezione di oggi (3.2-Biology.pdf) e' disponibile sul server del laboratorio.
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Oct 9 2018 - Comunicazione
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La lezione di recupero di IN470 di Venerdi' 12 Ottobre e' confermata. Si terra' in Laboratorio dalle 11 alle 13
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Sep 28 2018 - Comunicazione
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La prossima settimana (Ott 1-5) non faremo lezione. Inoltre, lunedi' 8 e martedi' 9 saro' assente. Potremmo recuperare Venerdi' 12 ma potro' darvi conferma solo qualche giorno prima.
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Sep 28 2018 - Materiale didattico
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Il materiale didattico della lezione di oggi (3.1-Biology.pdf) e' disponibile sul server del laboratorio. Inoltre nella cartella 'articoli' trovate un articolo (a3_Khoshmanesh-CellBiol.pdf) da leggere.
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Sep 26 2018 - Comunicazione
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Dalla prossima settimana, la lezione del martedi' si terra' in Aula 211 invece che in Aula C.
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Sep 25 2018 - Materiale didattico
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Il materiale didattico della lezione di oggi (2.1-IntroSysBio.pdf) e' disponibile sul server del laboratorio.
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Sep 24 2018 - Materiale didattico
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Il materiale didattico della lezione di oggi (1.1-forewords-intro.pdf e 1.2-algorithm.pdf) e' disponibile sul server del laboratorio
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Sep 24 2018 - Comunicazione
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La prima lezione del corso IN470 si terra' giorno 24 Settembre 2018 alle ore 11 nel Laboratorio di Informatica;
